El pueblo fue fundado en la confluencia del río Negro y el río Gallo, en el lugar que hoy se conoce como Pueblo Viejo, a finales del siglo XVII.
Sus fundadores fueron un grupo de curas jesuitas que llegaron a Somotillo a establecerse en Satoca para desarrollar la ganadería, especialmente mulas, que eran vendidas a los viajeros que se trasladaban de Guatemala o Comayagua a León por el llamado camino real que pasaba por el centro de Somotillo desde los mediados del siglo XVII.
En 1856, José María Estrada instaló en Somotillo su gobierno y entre el 21 de junio y 4 de julio, del mismo año, acamparon allí las fuerzas guatemaltecas que llegaron a ayudar a Nicaragua en su lucha contra William Walker, las que estaban al mando del general Mariano Paredes.
Fue elevada a Villa por acuerdo legislativo el 4 de septiembre de 1873 y a ciudad el primero de diciembre de 1963.
se caracteriza por ser la comunidad más limpia del municipio, las mujeres de esta comunidad se dedican a la elaboración de artesanía de barro, dicha artesanía es de carácter utilitaria, y decorativa, y es pintadas con un tipo de barro especial extraído cerca del cerro La Orqueta; realizan comales, alcancías, tinajas, tazas, jarrones, entre otros. Esta comunidad está ubicada a 16 kilómetros del casco urbano de Somotillo.
Montaña de Oración: tiene una elevación de 400 m.s.n.m. adonde encontrarás un mirador de tres plantas y una antena de la radio Príncipe de Paz, propiedad de la Asociación Cristiana Oportunidad de Misiones Transformadoras, acá se realizan actividades de retiros espirituales según la programación acordada con los propietarios. Se encuentra cerca del casco urbano.
Hallazgos arqueológicos en la comunidad Dulce nombre de Jesús, ahí observarás algunos objetos indígenas, cerámica y piedra que fueron encontrados en el río.
También se consideran centros históricos relevantes para Somotillo el Cerro Colindres, por haber sido el campamento de Juan Gregorio Colindres, conocido como el «Gato Colindres», existen las piedras que fueran las trincheras de auto defensa en los campamentos.