A partir del 2007, la Empresa Portuaria Nacional ejecuta estrategias y acciones para modernizar y mejorar las capacidades técnicas y operativas en las distintas terminales marítimas.
En los últimos 17 año se han realizado notables inversiones como la construcción de Puerto Salvador Allende: 48 quioscos, 24 restaurantes, 299 ranchitos, parques infantiles, plazas, espigón, pista de Go Kart, parque de La Alegría. Isla del Amor con restaurante, pasarela, 4 cabañas, piscinas y otros atractivos.
La construcción del Puerto Carlos Fonseca Amador en San Francisco Libre; modernización y ampliación de la terminal lacustre de San Jorge, construcción de 20 módulos pequeños, 10 quioscos comerciales, 5 restaurantes y edifico de administrativo, zona acuática con 2 piscina con restaurante.
Asimismo, la construcción Complejo Turístico en Puerto San Juan del Sur, edificio de módulos comerciales y muelles flotantes; regional lacustre Cocibolca, modernización terminal portuaria Moyogalpa, terminal de pasajeros y terminal portuario en San Carlos y Altagracia, fabricación de 2 transbordadores tipo Yate.
En el Puerto Corinto, se ejecuta el proyecto de mejoramiento de capacidades técnicas y operativas, mantenimiento de losa, mejoramiento del edificio administrativo, mantenimiento del muelle de carga liquida, construcción de dos antepuertos Punta Icaco I y II, modernización de la Grúa Pórtico, adquisición remolcadores El Danto y General Sandino.
Puerto Sandino, la construcción de edificio administrativo y de operaciones, calles internas con concreto hidráulico, adquisición de equipo portuario terrestre y náutico, rehabilitación de 4 barcazas y remolcadores.
Puerto Arlen Siú, el mantenimiento de la losa del patio de contenedores, construcción y operación de la Ventanilla Única para trámites, reparación del muelle flotante y entrada principal al puerto, adquisición de grúa de 260 toneladas.
En Puerto Cabezas, la construcción de defensas del muelle para atraque seguro. Tras el paso de los Huracanes ETA e IOTA, se realizó reconstrucción del edificio administrativo, muro perimetral del patio de operaciones y 100 ml de muelle de madera tipo espigón.
Puerto El Bluff-Bluefields, se realizaron obras de dragado en el canal de acceso, construcción de defensas del muelle de carga líquida.
En el 2007 había falta de modernización y limitada capacidad de atención en los puertos. Puerto Corinto solo atendía 2 líneas navieras y 4 buques semanales.
La infraestructura portuaria deteriorada, por 15 años la grúa pórtico de puerto Corinto estuvo inhabilitada, puertos en estado de abandono, deterioro de equipos, contratos onerosos de alquiler, ausencia de inversiones y mantenimiento; baja productividad y altos costos y gastos, ausencia de sistema automatizados de la gestión administrativa y operativa.
Se había privatizado el puerto de Bilwi (Puerto Cabezas), pero fue recuperado en los primeros meses de 2007; había negociaciones para entregar en concesión el puerto de Corinto.
Había una deuda 61.0 millones de dólares con acreedores internacionales. EPN registra Patrimonio negativo de 44.8 millones de córdobas; inexistencia de convenio colectivo en todos los puertos; incapacidad de pago de la nómina. La EPN tenía que prestar poniendo de garantía los remolcadores.
En los últimos 17 años se atendieron 10,669 buques de carga internacional con 69.2 millones de TM. En carga de cabotaje se atendieron más de 27 mil embarcaciones que movilizaron 3.9 millones de TM de carga y trasladaron 9.8 millones de pasajeros.
548.06 millones de dólares de ingresos acumulados, 432.95 millones de dólares en gastos y 115.11 millones de dólares en utilidad para una rentabilidad promedio anual de 21%. Los ingresos se incrementan en 302% y la utilidad en 195%. Las inversiones portuarias fueron de 201.5 millones de dólares: 117.02 millones de dólares, fondos propios (58%); 72.02 millones de dólares, fondos externos (36%); y 12.48 millones, fondos del tesoro (6%) para obras de dragado en el Río San Juan, manteniendo un promedio de inversión interanual de USD11.7 millones.
Con las inversiones hechas y con las nuevas tecnologías está mejorada competitividad general en la prestación de servicios y atención de carga, buques y pasajeros;
Se alcanzaron nuevos niveles de modernización de equipamiento y tecnologías portuarias en beneficio de mayor productividad en procesos de atención a buques, almacenamiento y transferencias de cargas; capacitado y altamente especializado personal técnico, operativo y administrativo en los diferentes procesos portuarios;
Se ha ampliado la capacidad instalada en infraestructura vertical y horizontal terrestre y marítima en correspondencia al incremento de la demanda real atendida; se ha fortalecido la auto sostenibilidad financiera y sustentabilidad económica al contar con una tasa de rentabilidad promedio anual del 21%;
Está garantizada la seguridad portuaria en la navegación marítima, internacional y cabotaje con las obras de dragado y señalización marítima, que convierten a los puertos de Nicaragua en Puertos Seguros, certificados por la Organización Marítima Internacional (OMI).
Está diversificada y ampliada el segmento de negocio de la EPN, al incorporar en los puertos, el componente turístico acuático y terrestre con atractivos de sana recreación y esparcimiento.
Asimismo, se encuentra fortalecidas las capacidades para la coordinación interinstitucional del Sistema Portuaria Nacional: DGA, DGTA/MTI, Naval/EN, Líneas y Agencias Navieras, IPSA, etc.