Fue una de las primeras construcciones religiosas de León
Se localizan en el centro histórico de León y frente a ellas está el nuevo templo católico que lleva el mismo nombre.
La antigua iglesia San Sebastián fue construida a fines del siglo XVIII, sin embargo, fue destruida por la guardia somocista en 1979.
La historia de la iglesia San Sebastián se remonta al nacimiento de la ciudad de León. Se erigió como capellanía de la Catedral y fue una de las primeras construcciones religiosas de León en su nuevo asentamiento.
A fines del siglo XVIII la reconstruyó el coronel Joaquín de Arechavala. Tuvo varias intervenciones a inicios del siglo XX. En la guerra civil de 1979, por estar situada en las inmediaciones de la Cárcel La 21 y el Comando de la Guardia Nacional, fue tomada como punto de referencia de las fuerzas guerrilleras, esta condición hizo que fuera bombardeada por la guardia somocista.
Actualmente la iglesia original se encuentra en estado de ruina y frente esta se construyó la nueva iglesia San Sebastián.
La arquitectura de la iglesia San Sebastián corresponde a la tipología de las ermitas misioneras construidas al inicio de la Colonia: simetría en una sola nave con cañón a dos aguas y sin mayores detalles decorativos.
La iglesia era muy sencilla, pero disponía de dos cuerpos simétricos al de la nave principal y presbiterio, cubiertos a diferentes alturas con cañón corrido a dos aguas. Las fachadas eran lisas con vanos de medio punto para los accesos, estando el principal decorado con un alfiz que lo enmarca, y por ventanas de iluminación protegidas con verjas de madera torneada.
El devastador bombardeo durante la guerra civil de 1979, que también destruyó gran parte del centro histórico de León, tampoco perdonó a la iglesia San Sebastián. La pared norte, el techo y el altar mayor fueron víctimas del bombardeo.
La construcción de la nueva iglesia San Sebastián comenzó a inicios de 1993. La nueva iglesia es de características sencillas, se encuentra de frente a las ruinas, en el antiguo parque de la primera iglesia y protege los objetos de culto que fueron salvados del bombardeo.