A la llegada de los españoles, se encontraron con poblados de las diferentes tribus indígenas, entre ellos los guatusos, los melchoras, los chorotegas y los pipiles.
Quienes posiblemente fueron los primeros en llegar a la desembocadura del Río San Juan, donde se asentaron, estos eran de procedencia náhuatl.
Varios poblados fundados por los indígenas fueron quemados por ellos mismos, para que no fueran ocupados por los conquistadores españoles.
Y fue sobre estas ruinas que los españoles construyeron sus primeras ciudades como: Nueva Jaén, San Juan de la Cruz, luego San Juan del Norte, hoy San Juan de Nicaragua, Bruselas, El Castillo; pero más que ciudades eran fuertes militares que defendían las rutas comerciales y las ciudades del Pacífico.
La ciudad Nueva Jaén, fue fundada en 1526, pero fue abandonada durante varias décadas para ser refundada como San Carlos durante el siglo XVII. La fortaleza construida en 1666, hoy Centro Cultural José Coronel Urtecho, era usada para suministrar apoyo al puesto de El Castillo, que era frecuentemente asaltado por piratas británicos y holandeses.
Durante la época colonial, la región del Río San Juan era importante, sobre todo, como ruta de tránsito, a través de este río muchos comerciantes de Granada empezaron a establecer grandes haciendas ganaderas a lo largo de la orilla del Lago de Nicaragua, además de la ganadería, en esa época se destacaba el comercio de hule, raicilla y cacao.
En 1949, San Carlos forma parte del territorio del departamento de Río San Juan al segregarse este de Chontales y en 1989 se legaliza como un municipio y como cabecera departamental.
Solentiname es cuna de artistas, entre ellos artesanos, pintores y poetas; sus artistas son voceros de la naturaleza y tienen el don de crear y recrear. Comparten la filosofía de trabajar y vivir en armonía con la naturaleza. Se destaca la artesanía de madera de balsa y pintores primitivistas.