Fue elevado a rango de ciudad por Ley legislativa del Congreso Nacional de Nicaragua el 4 de junio de 1963.
Nagarote (Camino de los Nagrandanos), es un municipio del departamento de León en la República de Nicaragua. Es reconocido como «Municipio Azul», siendo municipio modelo destacado en la gestión ambiental y desde hace décadas es considerado «el más limpio de Nicaragua».
El lugar fue conocido desde antes de la conquista española por su antiquísimo árbol de genízaro el cual, según se cree, vivió casi 800 años, hasta que fue impactado por un rayo y se decidió preservarlo en el Museo municipal, con su tronco y ramas se elaboraron utensilios decorativos que son exhibidos en dicho museo.
Se ubicó en el cacicazgo de Imabite, sobre una llanura costera lindante con el océano Pacífico y el lago Xolotlán, las montañas de Matiari (actual Mateare) y la encomienda de León Viejo (hoy La Paz Centro), a orillas de la cordillera de los Marrabios.
Esta llanura estaba enriquecida con pequeñas fuentes de agua dulce (vertientes) y de ríos pequeños que permanecían hasta en épocas de verano con mucha agua. Entre estos ríos se destacan los conocidos hoy, o fueron conocidos con los nombres de: El Pital, Soledad, Patastule, San Antonio, El Caimito, Las Tranquitas, El Obraje, Dos Ríos, San Luis, San Pedro, Palo de Sangre, Naranjo, Santiago y Sayulapa.
En documento histórico de 1548, Nagarote aparece mencionado como encomienda del rey de España.
Su primera iglesia fue erigida en 1650, con el nombre de «Santiago de La Concepción» de la villa de Nagarote.
Nagarote tuvo antiguamente un floreciente puerto marítimo llamado Puerto Sandino. Este puerto fue atacado en 1983, con mucha destrucción de las instalaciones que efectivamente destruyeron el puerto.