Situada en la Calle Real de León, esta iglesia presenta una mezcla de varios estilos: un exterior ecléctico y un interior de estilo colonial-barroco.
La Iglesia de San Francisco es uno de los templos más antiguos de la ciudad de León, construido en 1639, junto con el convento que lleva el mismo nombre.
En la Iglesia se conservan dos de los mejores altares de Nicaragua de más puro plateresco español.
En esta iglesia se originó la celebración de La Purísima, durante la noche del 7 de diciembre. Aquí se produce la Gritería la mayor manifestación religiosa de Nicaragua.
Aquí también se resguarda la imagen de San Benito de Palermo, una imagen prodigiosa y muy querida, en cuyo honor se celebra misa desde 1924, objeto de devoción multitudinaria todos los lunes santos, cuando la imagen es llevada en procesión por las calles de León.
Curiosidades El Convento de San Francisco es el primero y más antiguo convento con su Iglesia de la ciudad de León.
Hoy en día el Hotel El Convento es uno de los mejores hoteles boutique de Nicaragua, que deslumbra con su decoración y bello jardín colonial.